سه روش برای رسیدگی به اظهارنامه های مودیان در ادارات مالیاتی وجود دارد و در مواد ۱۰۶، ۹۴، ۹۵ و ۹۷ قانون مالیات‌های مستقیم به آن اشاره شده است که در ادامه به شرح آن‌ها می‌پردازیم:

پذیرش اظهارنامه بدون رسیدگی

سازمان امور مالیاتی می‌تواند اظهارنامه‌های مالیاتی دریافتی را بدون رسیدگی قبول نماید. معمولاً تعداد کمی از شرکت‌ها مشمول این حالت می‌شوند.

برگزاری جلسه رسیدگی مالیاتی

در این حالت اظهارنامه شرکت به همراه اسناد و مدارک ارایه شده به ممیزین مالیاتی براساس معیارها و شاخص‌های تعیین شده و مقررات مورد رسیدگی قرار گرفته و مالیات عملکرد محاسبه و برگ تشخیص صادر می‌گردد. در این روش غالباً رقم مالیات تشخیصی بالاتر از مالیات اظهاری خواهد بود.

تهیه اظهارنامه مالیاتی برآوردی توسط سازمان

در این حالت مودی مالیاتی از ارسال اظهارنامه در مهلت قانونی امتناع نموده، لذا سازمان امور مالیاتی نسبت به تهیه اظهارنامه مالیاتی برآوردی براساس فعالیت و اطلاعات اقتصادی کسب شده مودیان از طرح جامع مالیاتی و مطالبه مالیات متعلق به موجب برگ تشخیص مالیات اقدام می‌کند. در صورت اعتراض مودی چنانچه ظرف مدت سی روز از تاریخ ابلاغ برگ تشخیص مالیات، نسبت به ارایه اظهارنامه مالیاتی مطابق مقررات مربوط اقدام کند، اعتراض مودی طبق مقررات این قانون مورد رسیدگی قرار می‌گیرد، این حکم مانع از تعلق جریمه‌ها و اعمال مجازات‌های عدم تسلیم اظهارنامه مالیاتی در موعد مقرر قانونی نیست.