اعضای هیات حل اختلاف تجدید نظر نیز همچون هیات حل اختلاف بدوی از سه نفر شامل؛ نماینده سازمان امور مالیاتی کشور، یک نفر قاضی یا حقوقدان از طرف دادگستری استان و یک نفر نماینده بخش خصوصی به انتخاب مودی مالیاتی، تشکیل شده‌اند. اما نکاتی که در مورد هیات حل اختلاف مالیاتی تجدیدنظر باید به آن‌ها اشاره کرد عبارتند از؛

مهلت اعتراض

آراء هیأتهای حل اختلاف مالیاتی بدوی که از تاریخ اجرای قانون الحاقی مذکور و به بعد صادر می شوند، در صورتی که ظرف مدت بیست روز از تاریخ ابلاغ رأی به مودی، از طرف مأموران مالیاتی مربوط و یا مودیان مورد اعتراض کتبی قرار گیرد، پرونده قابل احاله و رسیدگی در هیأت حل اختلاف مالیاتی تجدید نظر خواهد بود.

طرف اعتراض

در صورتی که رأی صادره هیأت بدوی از سوی یکی از طرفین مورد اعتراض تجدید نظر خواهی قرار گرفته باشد در مرحله تجدید نظر فقط به ادعای آن طرف رسیدگی و رأی صادر خواهد شد.

هزینه دادرسی

در مواردی که شکایت مودیان مالیاتی از آراء هیأت‌های بدوی از طرف هیأت حل اختلاف مالیاتی تجدید نظر رد شود و همچنین شکایت از آراء هیأت‌های تجدید نظر از طرف شعب شورای عالی مالیاتی مردود اعلام شود، برای هر مرحله معادل یک درصد تفاوت مالیات موضوع رأی مورد شکایت و مالیات ابرازی مودی در اظهارنامه تسلیمی، هزینه رسیدگی تعلق می‌گیرد که مودی مکلف به پرداخت آن خواهد بود.

رای صادره

رأی هیأت حل اختلاف مالیاتی بایستی متضمن ‌اظهارنظر موجه و مدلل نسبت به اعتراض مودی بوده و در صورت ‌اتخاذ تصمیم به تعدیل درآمد مشمول مالیات‌، جهات و دلایل آن ‌توسط هیأت در متن رأی قید شود.

مأخذ مورد محاسبات مالیات

هیأت‌های حل اختلاف مالیاتی مکلف اند مأخذ مورد محاسبات مالیات را در متن رأی قید و در صورتی که در محاسبه ‌اشتباهی کرده باشند، با درخواست مودی یا اداره امور مالیاتی مربوط‌ به موضوع رسیدگی و رأی را اصلاح کنند.

شکایت به شورای عالی مالیاتی

مودی یا دادستان انتظامی مالیاتی می‌توانند ظرف دو ماه از تاریخ ابلاغ رأی قطعی هیأت حل اختلاف مالیاتی تجدیدنظر، به استناد عدم رعایت قوانین و مقررات موضوعه یا نقص رسیدگی، با اعلام دلایل کافی به شورای عالی مالیاتی اعتراض نموده و تجدید رسیدگی را درخواست کنند.

تنظیم صورتجلسه

هیئت‌های حل اختلاف مالیاتی باید صورت جلسه‌ را طوری تنظیم نمایند که راه برای تعبیر و برداشت‌های مختلف و یا فتح باب اشکالات دیگر از سوی مودی مسدود گردد. به عنوان مثال باید مودی را راهنمائی کنند در برگ رأی قید نماید “به جز اعتراضات مطروحه، اعتراض دیگری ندارد” تا جای عنوان کردن موارد دیگر در هیئت تجدید نظر یا شورای عالی مالیاتی باقی نباشد.