یک چک‌ لیست عملی از آنچه یک شرکت پیمانکاری در اکثر پرونده‌های مالیاتی به آن نیاز دارد شامل قوانین، مواد کلیدی، بخشنامه‌ها، آرای وحدت رویه شورای عالی مالیاتی و آرای مهم دیوان عدالت اداری در ادامه آورده می‌شود. این فهرست در لوایح، جلسات هیأت حل اختلاف و دیوان بیشترین کاربرد را دارند:

۱- پرکاربردترین مواد قانون مالیات‌های مستقیم

مواد پایه و درآمد

• ماده ۱۰۵ – نرخ مالیات اشخاص حقوقی
• ماده ۹۵ – دفاتر قانونی (کلیدی برای جلوگیری از علی‌الرأس)
• ماده ۹۷ – تشخیص درآمد (محدودکننده اختیار ممیز)

هزینه‌ها

• ماده ۱۴۷ – شرایط کلی هزینه‌های قابل قبول
• ماده ۱۴۸ – مصادیق هزینه‌های قابل قبول

(کاربرد روزمره برای هزینه‌های پروژه، سربار، ماشین‌آلات، نیروی انسانی)

پیمان و قرارداد

• ماده ۱۰۴ (ملغی ولی آثار گذشته دارد) – مالیات تکلیفی پیمان
• ماده ۱۰۶ – مأخذ محاسبه مالیات شرکت‌ها
• ماده ۸۶ و ۸۵ – حقوق کارکنان پروژه

دادرسی و اعتراض

• ماده ۲۳۸ – اعتراض به برگ تشخیص
• ماده ۲۳۹ – ارجاع به هیأت حل اختلاف
• ماده ۲۴۴ – ترکیب هیأت حل اختلاف
• ماده ۲۵۱ – اعتراض فوق‌العاده
• مواد ۲۵۵ و ۲۵۸ – آرای وحدت رویه شورای عالی مالیاتی

جرایم

• ماده ۱۹۰ – جریمه دیرکرد
• ماده ۱۹۱ – بخشودگی جرایم
• ماده ۱۹۲ – عدم تسلیم اظهارنامه

۲- بخشنامه‌ها و دستورالعمل‌های پرکاربرد

شناسایی درآمد پیمان

بخشنامه‌های مربوط به پیمان‌های بلندمدت با تأکید بر شناسایی درآمد بر اساس پیشرفت کار و صورت‌وضعیت تأییدشده نه صرفاً دریافت وجه.

کسورات پیمان

بخشنامه‌های مربوط به کسور بیمه و  مالیات تکلیفی کسرشده توسط کارفرما که تصریح می‌کنند این مبالغ درآمد پیمانکار نیست و  تا زمان تسویه، بدهی محسوب می‌شود.

هزینه‌های پروژه

بخشنامه‌های مرتبط با

• هزینه‌های سنوات قبل پروژه
• هزینه‌های تجهیز و برچیدن کارگاه
• هزینه ماشین‌آلات پروژه

۳- آرای وحدت رویه شورای عالی مالیاتی (بسیار مهم در هیأت حل اختلاف)

رأی وحدت رویه درباره شناسایی درآمد پیمان

که عنوان می‌دارد درآمد پیمان براساس درصد پیشرفت کار می‌باشد نه صرفاً وجوه دریافتی و یکی از پرتکرارترین دفاعیات پیمانکاران است.

رأی وحدت رویه درباره هزینه‌های سنوات قبل

هزینه‌های واقعی پروژه اگر دیر شناسایی یا پرداخت شده باشند، در سال پرداخت قابل قبول‌اند.

رأی وحدت رویه درباره کسورات قانونی

بیمه و مالیات تکلیفی کسرشده، درآمد شرکت پیمانکار نیست و بدهی کارفرما تلقی می‌شود.

رأی وحدت رویه درباره جرایم قراردادی

جرایم تأخیر ناشی از قصور پیمانکار، هزینه قابل قبول مالیاتی نیست و در مقابل، خسارات خارج از اختیار می‌تواند محل دفاع باشد.

۴- آرای مهم دیوان عدالت اداری

ابطال بخشنامه‌های مغایر قانون

• درآمد پیمان را بیش از قانون محاسبه می‌کردند
• هزینه‌های واقعی پروژه را بدون مستند قانونی رد می‌کردند

تحدید اختیارات ممیز و الزام رعایت آیین دادرسی مالیاتی

• ابلاغ غیرقانونی
• عدم رعایت حق دفاع مؤدی