در دادرسی مالیاتی، همه مواد قانون مالیات‌های مستقیم به یک اندازه کاربرد ندارند. در عمل، حدود ۲۵ ماده کلیدی هستند که بیشترین نقش را در اعتراض، لایحه دفاعیه، هیأت حل اختلاف و حتی دیوان عدالت اداری دارند. در ادامه، خلاصه‌ای از مهم‌ترین مواد به‌صورت موضوعی آورده شده است:

مواد پایه‌ای و بسیار پرکاربرد (هسته دفاع مالیاتی)

ماده ۹۴: تعریف درآمد مشمول مالیات و مبنای تشخیص درآمد واقعی و رد علی‌الرأس‌های غیرمستند.

ماده ۹۵: دفاتر قانونی و اسناد و مدارک و مرجع اصلی دفاع از قبول دفاتر و جلوگیری از رد آن‌ها.

ماده ۹۷: تشخیص درآمد مشمول مالیات و محدودکننده اختیار ممیز در تشخیص‌های سلیقه‌ای.

ماده ۱۴۷: شرایط کلی هزینه‌های قابل قبول و ستون فقرات دفاع از هزینه‌ها.

ماده ۱۴۸: مصادیق هزینه‌های قابل قبول، مکمل ماده ۱۴۷ و مورد استناد روزمره در لوایح.

مواد مربوط به رسیدگی و تشخیص مالیات

ماده ۱۵۶: مرور زمان مالیاتی و امکان ابطال مطالبه مالیات خارج از مهلت.

ماده ۱۵۷: مهلت صدور برگ تشخیص و ابزار مهم دفاع شکلی.

ماده ۱۵۸: ابلاغ اوراق مالیاتی و ابطال تشخیص به دلیل ابلاغ غیرقانونی.

مواد مربوط به اعتراض و دادرسی مالیاتی

ماده ۲۳۸: اعتراض به برگ تشخیص و نقطه شروع دادرسی مالیاتی.

ماده ۲۳۹: ارجاع پرونده به هیأت حل اختلاف و تضمین رسیدگی بی‌طرفانه.

ماده ۲۴۷: مهلت اعتراض به رأی هیأت بدوی و حفظ حق اعتراض.

ماده ۲۵۱: اعتراض فوق‌العاده (شورای عالی مالیاتی) و راهکار آخر برای نقض رأی قطعی.

ماده ۲۵۱ مکرر: درخواست بخشودگی یا تجدید رسیدگی خاص در موارد مالیات‌های سنگین یا غیرعادلانه.

مواد مربوط به هیأت‌های حل اختلاف

ماده ۲۴۴: ترکیب و صلاحیت هیأت حل اختلاف و ایرادات شکلی به ترکیب هیأت.

ماده ۲۴۸: اعتبار رأی هیأت و بررسی صحت رأی و حدود اختیار هیأت.

ماده ۲۵۵: نظارت شورای عالی مالیاتی و مبنای صدور آرای وحدت رویه.

ماده ۲۵۸: صلاحیت هیأت عمومی شورای عالی مالیاتی و ابزار استناد به آرای وحدت رویه.

مواد جرایم و بخشودگی‌ها (بسیار کاربردی)

ماده ۱۹۰: جریمه دیرکرد پرداخت مالیات و امکان بخشودگی.

ماده ۱۹۱: بخشودگی جرایم و ابزار مذاکره و کاهش بدهی.

ماده ۱۹۲: جریمه عدم تسلیم اظهارنامه و قابل دفاع در شرایط خاص.

مواد خاص و کاربردی برای شرکت‌ها

ماده ۱۰۵: مالیات بر درآمد اشخاص حقوقی و مبنای محاسبه مالیات شرکت‌ها.

ماده ۱۳۲: معافیت واحدهای تولیدی و پرتکرار در پرونده‌های تولیدی.

ماده ۱۴۱: معافیت صادرات و دفاع رایج شرکت‌های بازرگانی

ماده ۱۶۹: پایانه‌های فروشگاهی و معاملات فصلی و منبع اختلاف پرتکرار