براساس قانون مالیاتهای مستقیم، شورای عالی مالیاتی مرکب از بیست و پنج نفر عضو است که از بین اشخاص صاحب نظر، مطلع و مجرب در امورحقوقی، اقتصادی، مالی، حسابداری و حسابرسی که دارای حداقل مدرک تحصیلی کارشناسی یا معادل در رشتههای مذکور می باشند به پیشنهاد رئیس کل سازمان امور مالیاتی کشور و حکم وزیر امور اقتصادی و دارایی منصوب میشوند.
حداقل پانزده نفر از اعضاء شورای عالی مالیاتی باید از کارکنان وزارت امور اقتصادی و دارایی و یا سازمانها و واحدهای تابعه آن که دارای حداقل شش سال سابقه کار در مشاغل مالیاتی باشند انتخاب شوند. جلسات شورای عالی مالیاتی با حضور حداقل دو سوم اعضاء رسمی است و تصمیمات آن با رأی حداقل نصف به علاوه یک حاضرین معتبر خواهد بود. وظایف و اختیارات شورای عالی مالیاتی به شرح زیر است:
- تهیه آییننامهها و بخشنامههای مربوط به اجرای این قانون در مواردی که از طرف وزیر امور اقتصادی و دارایی یا رئیس کل سازمان امور مالیاتی کشور ارجاع میگردد و یا در مواردی که شورای عالی مالیاتی تهیه آن را ضروری میداند پس از تهیه به رئیس کل سازمان امور مالیاتی کشور پیشنهاد کند.
- بررسی و مطالعه به منظور پیشنهاد و اعلام نظر در مورد شیوه اجرای قوانین و مقررات مالیاتی و همچنین پیشنهاد اصلاح و تغییر قوانین و مقررات مالیاتی و یا حذف بعضی از آنها به وزیر امور اقتصادی و دارایی یا رئیس کل سازمان امور مالیاتی کشور.
- اظهار نظر در مورد موضوعات و مسایل مالیاتی که وزیر امور اقتصادی و دارایی یا رئیس کل سازمان امور مالیاتی کشور حسب اقتضا برای مشورت و اظهار نظر به شورای عالیمالیاتی ارجاع مینماید.
- رسیدگی به آرای قطعی هیأتهای حل اختلاف مالیاتی که از لحاظ عدم رعایت قوانین و مقررات موضوعه یا نقص رسیدگی مورد شکایت مودی یا اداره امور مالیاتی واقع شده باشد.
شورای عالی مالیاتی دارای هشت شعبه و هر شعبه مرکب از سه نفر عضو خواهد بود. رئیس و اعضای شعب از طرف رئیس شورای عالی مالیاتی منصوب میشوند. هرگاه از طرف مؤدی یا اداره امور مالیاتی شکایتی در موعد مقرر از رأی قطعی هیأت حل اختلاف مالیاتی واصل شود که ضمن آن با اقامه دلایل و یا ارائه اسناد و مدارک صراحتاً یا تلویحاً ادعای نقص قوانین و مقررات موضوعه یا ادعای نقص رسیدگی شده باشد، رئیس شورای عالی مالیاتی شکایت را جهت رسیدگی به یکی از شعب مربوط ارجاع خواهد نمود. شعبه مزبور موظف است بدون ورود به ماهیت امر صرفاً ازلحاظ رعایت تشریفات و کامل بودن رسیدگیهای قانونی و مطابقت مورد با قوانین و مقررات موضوعه به موضوع رسیدگی و مستنداً به جهات و اسباب و دلایل قانونی رأی مقتضی بر نقض آرای هیأتهای حل اختلاف مالیاتی و یا رد شکایت مزبور صادر نماید، رأی شعبه با اکثریت مناط اعتبار است و نظر اقلیت باید در متن رأی قید گردد.
در مواردی که رأی مورد شکایت از طرف شعبه نقض میگردد پرونده امر جهت رسیدگی مجدد به هیأت حل اختلاف مالیاتی دیگر ارجاع خواهد شد و در صورتی که در آن محل یک هیأت بیشتر نباشد به هیأت حل اختلاف مالیاتی نزدیکترین شهری که با محل مزبور در محدوده یک استان باشد ارجاع میشود. مرجع مزبور مجدداً به موضوع اختلاف مالیاتی برطبق فصل سوم این باب و با رعایت نظر شعبه شورای عالی مالیاتی رسیدگی و رأی مقتضی میدهد. رأیی که بدین ترتیب صادر میشود قطعی ولازمالاجراء است. حکم این ماده در مواردی که آرای صادره از هیأتهای حل اختلاف مالیاتی توسط دیوان عدالت اداری نقض میگردد نیز جاری خواهد بود. در مواردی که رأی هیأتهای حل اختلاف مالیاتی نقض میشود شورای عالی مالیاتی موظف است یک نسخه از رأی هیأت را برای رسیدگی نزد دادستان انتظامی مالیاتی ارسال دارد تا درصورت احراز تخلف اقدام به تعقیب نماید.