رد دفاتر قانونی الکترونیکی دقیقاً مثل دفاتر دستی ضابطه داشته و ممیز حق رفتار سلیقه‌ای ندارد. این‌ها مهم‌ترین موارد قانونی رد دفاتر الکترونیکی می‌باشند:

الف- مبنای قانونی

ماده ۹۷ قانون مالیات‌های مستقیم: آیین‌نامه تحریر دفاتر قانونی بخشنامه‌های سازمان امور مالیاتی درباره دفاتر الکترونیکی

ب- موارد رد دفاتر قانونی الکترونیکی

• عدم ارائه دفاتر در مهلت مقرر
• عدم بارگذاری یا ارائه دفاتر در موعد اعلامی
• ارائه بعد از پایان مهلت قانونی
• عدم ثبت کلیه فعالیت‌های مالی اگر بخشی از درآمدها ثبت نشده یا هزینه‌ها ناقص ثبت شده و یا گردش حساب‌های بانکی منعکس نشده باشد.
• مغایرت اساسی با اسناد و مدارک، مثل اختلاف فاحش بین دفاتر و صورت‌حساب‌ها، مغایرت با اطلاعات سامانه مودیان، معاملات فصلی، ارزش افزوده مغایرت با گردش حساب بانکی
• ثبت هزینه‌های غیرواقعی یا فاقد مستند شامل؛ فاکتور صوری؛ هزینه بدون مدارک مثبته و اسناد جعلی یا غیرمرتبط با فعالیت
• عدم رعایت ترتیب و توالی ثبت شامل؛ ثبت با تأخیر غیرمجاز؛ ثبت خارج از توالی زمانی و ثبت تجمیعی برخلاف ضوابط
• دستکاری، حذف یا اصلاح غیرمجاز اطلاعات
• عدم تطابق با استاندارد اعلامی سازمان شامل؛ استفاده از نرم‌افزار غیرمجاز؛ عدم رعایت فرمت و ساختار اعلام‌شده و نقص در امضای الکترونیکی یا شناسه یکتا
• عدم امکان رسیدگی فنی؛ اگر به دلیل خرابی فایل‌ها؛ عدم دسترسی و نقص اطلاعات فنی رسیدگی ممکن نباشد، دفاتر رد می‌شوند.

ج- مواردی که نباید باعث رد دفاتر شوند

• اشتباهات جزئی تایپی
• اختلافات غیرمؤثر در سود و زیان
• تأخیر کوتاه‌مدت با عذر موجه
• نقص اسناد با امکان تکمیل

د- اقدامات پس از رد دفاتر الکترونیکی

• درخواست دلایل مکتوب رد دفاتر
• اعتراض در هیأت حل اختلاف مالیاتی
• دفاع با استناد به آیین‌نامه و بخشنامه‌ها
• در صورت لزوم، درخواست بخشودگی جرایم