رئیس اداره امور مالیاتی فردی است که تمام مسئولیت مربوط به واحدهای زیربط را به عهده دارد و از طرف مدیرکل استان انتخاب می‌شوند. وظایف روسای امور مالیاتی به شرح زیر می‌باشد:

• نظارت بر امور حوزه‌های رئیس گروه‌های مالیاتی و ارشاد و راهنمائی مامورین تشخیص در حین انجام وظایف قانونی خود.
• بررسی گزارش کارشناسان ارشد و رئیس گروه‌های مالیاتی و موافقت با ارجاع رسیدگی به ترازنامه و حساب سود و زیان مودیان به حسابدار رسمی.
• رسیدگی به اختلافات مودیان مالیاتی با مامورین تشخیص مالیات با توجه به وظایف قانونی و ارسال یک نسخه از برگ تشخیص مالیات در صورت رد و یا تعدیل بیش از بیست درصد از درآمد مودی به دادستانی انتظامی مالیاتی.
• مطالعه و بررسی گزارشات واصله کارکنان تحت سرپرستی و اظهارنظر در صورت لزوم.
• بررسی گزارشات کارشناسان و رئیس گروه‌های مالیاتی در مورد آراء قطعی صادره از کمیسیون‌های تشخیص مالیاتی که برگه تشخیص مالیات رد یا بیش از بیست درصد تعدیل شده است و اعلام مراتب به شورأی عالی مالیاتی و تقاضای نقض رأی.
• راهنمائی و ارشاد مودیان و تفهیم قوانین و مقررات با انجام تکالیف قانونی و رفع مشکلات مربوط.
• رسیدگی به گزارش ماموران تشخیص در مورد استرداد اضافه پرداختی مودیان.
• نظارت بر مکاتبات با دفاتر اسناد رسمی و سایر سازمان‌های دیگر که مکلف به پرداخت مالیات و ارسال آن به حوزه مالیاتی می‌باشد.
• تهیه گزارش در مورد تخلف مامورین تشخیص مالیات و ارسال آن نزد مقام مافوق.
• بررسی نظارت و پیشنهادات اصلاحی کارکنان تحت سرپرستی به منظور رفع نواقص و بهبود جریان امور و اعلام ان به مقامات مافوق.

• انجام سایر امور مربوط براساس موازین قانونی و دستورات صادره مقام مافوق.